56. Which institution(s) is responsible for examining financial reports and/or investigating violations?

Source 1: Articles 3(1) and 26 C of the Political Parties Act 2013.

Artículo 3 inciso 1°.- La autoridad máxima responsable de hacer cumplir la presente Ley, es el Tribunal Supremo Electoral.

Artículo 26 C Inciso final.- los partidos políticos tendrán obligación de poner a disposición de la Corte de Cuentas, la información relativa a su financiamiento público, y a disposición del Tribunal Supremo Electoral y del Ministerio de Hacienda la información relativa a su financiamiento público y privado a detalle, sin necesidad de que medie el consentimiento de los donantes al final de cada ejercicio fiscal, de igual manera se pondrá a disposición de la autoridad que lo solicite en el curso de una investigación judicial en cualquier momento que lo requiera.

Article 3, paragraph 1.- The highest authority responsible for enforcing this Law is the Supreme Electoral Tribunal.

Article 26 C Final paragraph.- Political parties shall be required to make available to the Court of Accounts information relating to their public financing, and to make available to the Supreme Electoral Tribunal and the Ministry of Finance detailed information relating to their public and private financing, without the need for the consent of the donors at the end of each fiscal year. Similarly, this information shall be made available to any authority that requests it in the course of a judicial investigation at any time.

Source 2: Article 87 Regulations of the Political Parties Act 2014.

Artículo 87.- Los partidos políticos a través del responsable, deberán presentar al Tribunal en los primeros tres meses de cada año fiscal, un balance contable debidamente auditado, que identifique de forma detallada las cuentas correspondientes al financiamiento privado ordinario y preelectoral.

Article 87.- Political parties, through their representative, must submit to the Court, within the first three months of each fiscal year, a duly audited balance sheet that identifies in detail the accounts corresponding to ordinary and pre-election private financing.

Ley de Partidos: https://www.asamblea.gob.sv/sites/default/files/documents/decretos/2E597B83-D1C9-4C91-A9C9-6EC8A44FBA0F.pdf 
Reglamento ley de partidos políticos: https://transparencia.tse.gob.sv/laip_tse/index.php/marconormativo/reglamento-ley-de-partidos-politicos  

Supreme Electoral Tribunal
Despite the elimination of public financing, the Political Parties Act still contains provisions that refer to such financing.
The Ministry of Finance does not audit the parties.